ابراهیم رئیسی در گرفتن حکم اعدام زندانیان سیاسی از خمینی نقش مستقیم داشته استاین نخستین افشاگری یک مقام وقت قضاییه درباره دخالت مستقیم رئیسجمهور ایران در کشتار زندانیان سیاسی در زندان است.
حسین مرتضوی زنجانی رییس پیشین زندان اوین اعلام کرد که از اتاق خود میدیده که جنازه زندانیان اعدامشده به کامیونها انداخته و از زندان خارج میشدهاند.
مرتضوی گفت که در جلسهای با حضور اعضای تصمیمگیرنده درباره اعدام زندانیان موسوم به «هیات مرگ» اعلام کرده اعدام زندانیان را «قبول ندارد و استعفا داده است».
رییس اسبق زندان اوین گفت که در این جلسه یکی از معاونان وزارت اطلاعات او را تهدید به اعدام کرده است.
او افزود: «یکی از معاونان اطلاعات گفت که خیلی چت و پرت میگویی. این جا مرتضوی زیاد است و تو را هم قاطی آنها (زندانیان) میکنیم و میروی.»
مرتضوی تاکید کرد با وجود اینکه در اعدام زندانیان نقش مستقیم نداشته، به دلیل سکوت در برابر اعدام زندانیان احساس گناه میکند و «اگر با آب زمزم هم غسل داده شود، پاک نمیشود».
در سال ۱۳۶۷ به دنبال صدور فتوا و فرمان روحالله خمینی، چند هزار نفر از زندانیان سیاسی و عقیدتی در زندانهای جمهوری اسلامی مخفیانه اعدام و در گورهای جمعی دفن شدند.
ابراهیم رئیسی که یکی از اعضای هیات تصمیمگیرنده در مورد زندانیان معروف به «هیات مرگ» بود، پس از اعلام پیروزیاش در انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۴۰۰ در پاسخ به سوال خبرنگار الجزیره گفت از ابتدای مسئولیتش در دستگاه قضایی «مدافع حقوق بشر» بوده و برای اقداماتش «باید مورد تقدیر و تشویق» قرار بگیرد.
رییس سابق زندان اوین همچنین گفت که زندانیان زن باکره قبل از اعدام به ازدواج اجباری با زندانبان درآمدند چون معتقد بودند که آنان «نباید بی گناه از دنیا بروند (به بهشت بروند)».